现莲花县人民检察院内设机构设置为“2+4”的模式，分为6个部门，具体如下：

　　一、办公室，负责文电、会务、机要、档案等工作。协助院领导处理检察政务，督促检查有关工作部署的落实情况。负责人大代表、政协委员、特约检察员的联络工作。负责计划财务装备工作。

　　二、政治部，负责本院人才队伍建设、思想政治工作、意识形态工作、干部人事工作和离退休人员管理。负责新闻宣传、舆论引导等工作。

　　三、第一检察部（生态环境保护部、未成年人检察部），负责办理本院受理刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。负责生态环境保护检察和未成年人检察工作。办理刑事申诉案件。

　　四、第二检察部，承办对同级人民法院民事、行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督。开展民事支持起诉工作。办理本院管辖的民事、行政申诉案件。办理公益诉讼案件。

　　五、第三检察部（驻莲花县看守所检察室、公益损害与诉讼违法举报中心），负责对看守所、社区矫正机构等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行的监督，强制医疗执行、羁押和办案期限监督，羁押必要性审查，办理罪犯又犯罪案件。负责对上级检察机关交办的司法工作人员利用职权实施的相关职务犯罪案件的侦查。负责受理向本院提出的控告、申诉和举报，承办本院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责检察应用理论研究工作，承办本院检察委员会日常工作。负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物的监管、法律文书的监管、案件信息公开。组织办案质量评查、业务考评和业务统计分析研判。负责人民监督员工作。指导统一业务应用系统使用。负责检察技术工作。负责检察信息化建设工作。负责对本院执行法律、法规和上级人民检察院的规定、决定情况进行督察。

　　六、司法警察大队，负责保护人民检察院直接立案侦查案件的犯罪现场；执行传唤、拘传；协助执行监视居住、拘留、逮捕，协助追捕在逃或者脱逃的犯罪嫌疑人；参与搜查；押解、看管犯罪嫌疑人、被告人和罪犯；送达有关法律文书；保护出席法庭、执行死刑临场监督检察人员的安全；协助维护检察机关接待群众来访场所的秩序和安全，参与处置突发事件；法律、法规规定的其他职责。